Entre 1893 et 1914, alors que se développent les conflits qui conduisent à la Séparation des Eglises et de l'Etat en 1905, le catholicisme français est en proie à une crise interne d'une rare violence. La crise moderniste résulte de l'inquiétude du milieu catholique devant les initiatives qui tendent à réconcilier l'Eglise avec la modernité intellectuelle. Après l'exemple malheureux de Renan, il fallait quelque audace pour appliquer à la Bible et à l'histoire religieuse des méthodes exégétiques surtout mises en oeuvre par des protestants ou des rationalistes. De même, au temps du thomisme, restauré par Léon XIII, il fallait quelque audace pour travailler au sein d'une philosophie moderne symbolisée par Kant. Indépendantes les unes des autres, toutes ces initiatives rencontrent dans le milieu ecclésial un même soupçon : exégètes, historiens et philosophes n'introduisent-ils pas l'ennemi dans la citadelle assiégée ? Critiques et dénonciations se multiplient ; Rome les entend et, en 1907, l'encyclique Pascendi construit, pour le condamner, le type idéal du moderniste égaré par une philosophie agnostique et par des préjugés évolutionnistes. L'encyclique a au moins le mérite de désigner les principaux thèmes autour desquels s'organisent les débats théologiques : la valeur de la raison, l'immanence, le développement du dogme, la réforme de l'Eglise. Mais la crise religieuse s'inscrit dans une crise intellectuelle plus large, provoquée par la montée des sciences humaines. Les protagonistes de la crise moderniste trouvent dans les milieux philosophiques de l'époque la possibilité d'une expression plus libre, et, dans le domaine des sciences religieuses, le partage des méthodes commence à constituer une communauté des chercheurs.